2009年5月30日下午，潘根兴教授受邀在2009年生态学全国研究生暑期学校作“中国农田土壤固碳增汇及其农田生态过程与效应”学术报告。本次讲习班是复旦大学承办的教育部创新计划项目，并由教育部和国家自然科学基金委员会共同资助，报告者都是特邀的国际和国内生态学著名专家。该讲习班学员来自全国高等学校的博士、硕士研究生和青年骨干教师。潘根兴教授是因复旦大学生物多样性研究所方长明教授得邀请与会报告的。潘根兴教授在报告中主要介绍了“中国农业发展与农业资源利用的问题，农田土壤固碳减排潜力，农田土壤固碳与粮食生产和农田固碳的土壤和生态过程及效应等问题。3小时得报告引起了全场听众的浓厚兴趣与强烈反响。报告后提问和讨论热烈，交流十分活跃。主要围绕土壤固碳的途径与农民和农业的机制问题，土壤有机质-生产力-农业经济关系，固碳与减排的潜力、时效及综合效应，废弃物应用与农业固碳减排关系等。这些问题也反映不同学科对农田土壤固碳减排的关注以及农业管理、政策对于固碳减排实效的制约瓶颈，对于未来农业应对气候变化研究具有参考意义。

    潘根兴教授在复旦大学期间还与生物多样性研究所的学者进行了交流。